Corría el año de 1942 y lo que sería posteriormente el Atlético Nacional se llamaba en ese entonces Unión. Eran épocas en las cuales este equipo reconocido por su buen toque y mejor fútbol entrenaba en la cancha de Don Pepe, cerca de la iglesia del barrio Buenos Aires en el oriente de Medellín. Ese año el equipo ganó el torneo de Segunda Categoría de la Liga Antioqueña de Fútbol y con él, su paso a Primera para la temporada de 1943, lo que motivó la fusión con otro elenco de la región llamado Indulana. El nuevo nombre fue la suma de ambos: Unión Indulana, elenco que disputó en ese año el torneo de Primera, el campeonato de más tradición del fútbol aficionado antioqueño. Los colores del equipo eran verde y rojo. La mitad de la camiseta era verde vertical y la otra parte era roja. La pantaloneta era negra.

Los directivos de esa época eran Gabriel Velásquez y Hernando Vásquez, quienes fueron remplazados por Guillermo Berrío, Germán Salazar y Gilberto Mesa poco antes de que comenzara el profesionalismo del fútbol en Colombia, en 1948.
Unión Indulana cambiaría nuevamente de nombre en 1947 por el de Atlético Municipal, después que el ingeniero Luis Alberto Villegas Lopera concibiera la idea de crear una sociedad comercial destinada a estimular los deportes y establecer el fútbol y el baloncesto profesionales en Antioquia. La sociedad inició labores con $50 mil pesos aportados por 500 socios en acciones de $100 pesos cada una, pagaderas en un primer contado de $20 pesos al momento de ingresar a la sociedad y los $80 restantes en un máximo de 12 cuotas mensuales. Así pues, el viernes 7 de marzo de 1947 se consolidó el nacimiento de la institución Club Atlético Municipal de Medellín, hoy Corporación Deportiva Atlético Nacional.

Al lado de Villegas Lopera también figuran otros nombres vinculados a la fundación del Atlético Municipal, entre ellos Jorge Osorio, Alberto Eastman, Gilberto Molina, Raúl Zapata Lotero, Jorge Gómez Jaramillo, Arturo Torres Posada y Julio Ortiz.
En esa época, antes de iniciarse el profesionalismo en nuestro país, el Unión F.B.C era la base del Atlético Municipal y las temporadas internacionales se desarrollaban con equipos peruanos y chilenos. Los rivales preferidos eran Millonarios, Boca Juniors de Cali, Huracán y Medellín. Los principales partidos se jugaron en la cancha de Los Libertadores, lugar que se conoce actualmente como el barrio San Joaquín, sector de clase media en el corazón de la ciudad.

La era Profesional

Cuando comenzaba el profesionalismo en nuestro país Nacional sufría por los cambios dirigenciales y la falta de dinero. En 1950 ya se pretendía conformar una nómina basada en jugadores totalmente criollos, y para la época, Nacional se convirtió en el único elenco de puros colombianos en el rentado nacional.
Esta política sólo entregó posiciones secundarias en el rentado, por lo que Nacional contrató algunos extranjeros, entre ellos el técnico argentino Fernando Paternóster, quien llevó a los verdes a conquistar el primero de sus siete títulos en Colombia, único en los primeros 25 años de historia.
En la década de los años 60 el elenco verdolaga vivió momentos deportivos difíciles, a pesar de tener nóminas con elementos representativos como Bernardo Cunda Valencia, Gilberto Osorio, el argentino Juan Eulogio Urriolabeitia, Julio Chonto Gaviria, Luis Largacha y Teófilo Campaz, entre otros.
La década de los setenta catapultó a Nacional al grupo de los equipos grandes del país, conquistó los títulos de 1973 y 1976, año en que comenzó uno de los períodos más laureados de los verdes en Colombia. Jugadores como Gustavo Santa, Eduardo Emilio Vilarete, Hernán Darío Herrera, Raúl Navarro, Tito Manuel Gómez, Jorge Hugo Fernández, Oswaldo Marcial Palaveccino, Oscar Calics, Jorge Ortiz, Gerardo Moncada, Francisco Maturana, Pedro Sarmiento, Gilberto Salgado y Jorge Peláez, entre otros, fueron los encargados de dispararlo a los primeros lugares.

La vinculación del entrenador argentino Oswaldo Juan Zubeldía, proveniente de la escuela de Estudiantes de La Plata, le otorgó al club los elementos necesarios para estar cada año en la pelea por el título.
En los años 80 los verdolagas continuaron ubicándose en los primeros lugares y en 1981 conquistaron su cuarto título, nuevamente bajo la orientación del argentino. Esta vez con los peruanos Guillermo La Rosa y César Cueto, quienes nunca serán borrados de la memoria colectiva de los hinchas verdes. Además, se fabricó por parte del técnico un kínder de jugadores que luego sería la sensación en el fútbol colombiano entre los cuales estaban Carlos Ricaurte, Norberto Peluffo, Gabriel Jaime Gómez, Víctor Luna, Luis Fernando Suárez y otros más.
Los últimos extranjeros que actuaron con Nacional fueron el argentino José Luis Brown, campeón del mundo con su país en México 86 y los uruguayos Sergio Santín, Nelson Gutiérrez y Juan Carlos Paz, quienes actuaron en el verde de Antioquia en los años 85 y 86.

El Bolillo entregó otro nuevo título en 1991 con los delanteros Faustino Asprilla y Víctor Hugo Aristizábal. Además de ellos, conformaban la nómina de Nacional Herman Gaviria, Diego Osorio, León Fernando Villa, Mauricio Serna, Víctor Marulanda, Geovannis Cassiani y Níver Arboleda, entre otros.
El paso de Hernán Darío a la dirección de la Selección Colombia dejó el camino abierto para que llegara al banco verdolaga Juan José Peláez, quien llevó a Nacional a ser nuevamente campeón del fútbol colombiano en 1994, con un equipo en el cual estaban Higuita, Aristizábal, Serna, Alex Comas, José Fernando Santa, Víctor Marulanda, Juan Pablo Angel, Francisco Foronda, Francisco Mosquera y algunos otros.

Luego de este título Nacional disputó la final de la Copa Libertadores en 1995 ante Gremio de Brasil. Perdió en Porto Alegre 3-1 y empató en Medellín 1-1, por lo cual sólo alcanzó el subtítulo del torneo.
Una vuelta olímpica más llegó en 1999 bajo la orientación de Luis Fernando Suárez y de los jugadores Miguel Calero, León Darío Muñoz, Robinson Martínez, Néider Morantes, Oswaldo McKenzie, Pedro Alvarez, Dúmar Rueda, Freddy Grisales, Carlos Vilarete y Milton Patiño, entre otros.